Yo tuve un problema similar, que no igual, con un coche que se me llevó el ayuntamiento de Madrid. Lo desguazaron pero siguieron enviandome el impuesto de circulación durante bastantes anyos. Por lo visto hasta no haber pagado todos los impuestos no te dejaban darlo de baja. Pero luego cambiaron la ley y pagando el último impuesto de circulación se te permitía darle la baja. La verdad es que el trámite me lo hizo mi padre y esto que te comento es lo que el me dijo.
Te repito que yo no lo di de baja, lo hizo mi padre y solo pagando el último impuesto. Me parece que esta ley de pagar solo el último impuesto de circulación es aplicable a los vehículos con más de 15 anyos.
Te dejo un par de enlaces por si te pueden ayudar.
http://www.portalcoches.net/Dar-de-baja-un-vehiculo/255.html
http://www.dgt.es/portal/es/oficina_virtual/vehiculos/bajas/