Indiscutiblemente lo de manual o automático, como ya ha dicho alguien, depende del uso que le vayas a dar, yo personalmente tengo un MKVII de 125 CV (gasolina claro) , hago un 90% en ciudad (150.000 habitantes) y es una gozada tota.
Respecto a fiabilidad, tuve la mala suerte de que se me fué la mecatrónica con 500 kms, ahora después de tres años (sólo 32000 kms) sigue sin dar problemas.
Un saludo